百创智造FFPE空间转录组上游分析，我们再聚类的时候选择了三种方法：Seurat聚类，Kmeans聚类，Graph-based聚类。其中seurat聚类得到的数据类型是RDS格式，存放在BSTViewer_project/cluster/level/seurat/L*/object.RDS，kmean和Graph-based聚类得到到数据类型是h5ad格式，存放在BSTViewer_project/cluster/level/kmeans_graph/L*/L*_clustered.h5ad
目前这两个数据（rds,h5ad）都是只存放了各自的聚类，那如果我们想RDS中能添加上kmean和Graph-based聚类标签，或者h5ad中添加上seurat聚类标签，该如何去操作呢？这里我们提供了两个脚本供大家使用。
将kmeans 和graph的聚类标签加到rds脚本 ： add_cluster_csv_to_seurat.r
nohup Rscript add_cluster_csv_to_seurat.r \
--out out \
--h5ad_cluster_path ./BSTViewer_project/cluster/level/kmeans_graph/L7 \
--rds ./BSTViewer_project/cluster/level/seurat/L7/object.RDS \
--prefix L7将seurat聚类加到h5ad ：seurat_cluster_to_h5ad.py
python seurat_cluster_to_h5ad.py \
--out outdir \
--h5ad ./BSTViewer_project/cluster/level/kmeans_graph/L18/L18_clustered.h5ad \
--spatial_snn_path ./BSTViewer_project/cluster/level/seurat/L18 \
--prefix L18至此，rds和h5ad中都含有这三种方发的聚类标签了（Spatial_snn是seurat聚类标签）：
graph_r0.5 graph_r0.8 graph_r1.0 graph_r1.2 graph_r1.5 kmeans_K4 kmeans_K6 ... kmeans_K12 kmeans_K14 kmeans_K16 kmeans_K18 kmeans_K20 Spatial_snn_res0.8 Spatial_snn_res1.5 Spatial_snn_res0.5 Spatial_snn_res1 Spatial_snn_res1.2
脚本下载方式：
通过网盘分享的文件：FFPE中的rds和h5ad聚类标签互相添加
链接: https://pan.baidu.com/s/1Mq_MtTa19XPYGX7nwZE0Og?pwd=eurr 提取码: eurr
转载自 CSDN-专业IT技术社区
原文链接：https://blog.csdn.net/m0_74235168/article/details/168135713
