摘要
人类生殖与发育是受遗传、分子及环境因素共同调控的连续生物学过程。但相关数据分散在各类公共数据库与文献中，制约了数据的系统整合、分析与复用。本研究构建人类生殖与发育数据库HRD，这是套整合型多组学资源，收纳人类生殖、妊娠与发育多种研究场景下的公开数据集。HRD1.0版本共包含814条组学记录：432条批量转录组、144条单细胞/单细胞核转录组、156条表观组、52条代谢组、30条蛋白质组记录；同时收录702条临床试验记录、293条暴露‑结局关联、779条经过人工整理的表型关联核心SNP。数据库对关键元数据进行标准化，针对不同数据类型配置专属分析流程，将组学数据、遗传关联、暴露‑结局证据、临床试验数据整合至统一框架，可用于探究生殖发育各阶段的生物学信息。网站支持关键词检索、组合筛选、分类浏览、统计汇总与数据下载；提供差异分析、功能富集、细胞聚类、染色质可及性、峰注释、调控网络、跨表型关联图等交互式可视化。HRD可实现生殖发育相关数据与分析结果的检索、比对与复用。
http://www.inbirg.com/hrd/
panjianbo@cqmu.edu.cn
liuxiru@cqmu.edu.cn
#人类生殖与发育 #多组学 #批量转录组 #单细胞转录组 #表观基因组 #蛋白质组 #代谢组 #遗传关联 #暴露结局关联 #临床试验
结果
数据库内容与统计信息
图1 HRD工作流程、数据库架构及功能模块
HRD整合来自GEO、Metabolomics Workbench、PRIDE的组学数据集，GWAS Catalog的遗传关联数据，文献挖掘得到的暴露‑结局研究，以及ClinicalTrials.gov的临床试验记录。所有数据源经过人工筛选、元数据标准化，并按数据类型执行对应分析。处理后分为组学记录、临床试验记录、暴露‑结局关联记录、遗传关联资源。整理后的元数据与分析结果存储于基于Django/MySQL的数据库，采用统一标准化元数据框架，通过HTML/CSS网页界面展示。HRD包含814条组学记录、702条临床试验记录、293条暴露‑结局关联、779条人工整理表型关联的核心SNP。全部资源均可通过网页平台检索、浏览、可视化、下载。
网页设计与交互界面
图2 HRD网页界面与主要数据访问功能
(A) 检索：支持全站关键词快速检索，以及高级检索界面，可组合多项元数据条件查询临床试验、组学、暴露‑结局关联；浏览页面以交互式表格展示记录，支持关键词筛选、排序、分页、CSV导出。
(B) 统计：以图表形式汇总HRD资源构成，展示组学类型、发育阶段、组织细胞类型、疾病/研究条件的数据分布。
(C) 下载：提供全库整理元数据表，以及各研究的组学分析结果压缩包。
(D) 提交：用户可提交人类生殖发育相关数据，等待审核纳入数据库。
数据详情页与可视化
图3 转录组与表观组数据代表性详情页
(A) 基础信息模块：HRD研究编号、公共数据库登录号、物种、实验分组、实验条件、样本来源、建库策略、测序平台、疾病标识符、病例对照样本信息。
(B) 差异分析与功能富集结果：差异基因表格、火山图、基因表达箱线图、转录因子富集、GSEA基因集富集、GO/KEGG富集气泡图。
(C) scRNA‑seq/snRNA‑seq页面：细胞聚类图、细胞类型注释、标记基因表格、基因表达小提琴图。
(D) miRNA‑seq页面：差异miRNA、miRNA‑靶基因调控网络。
(E) 代表性表观组分析结果：转录起始位点附近信号谱与热图、峰注释与基因组特征分布、基序分析、差异甲基化位点。
图4 蛋白质组、代谢组、基因组、临床试验、暴露‑结局资源代表性详情页
(A) 蛋白质组、代谢组、GWAS示例；蛋白质组展示差异蛋白表格与蛋白‑蛋白相互作用网络；代谢组展示变量重要性(VIP)排序与各组代谢物相对丰度；GWAS页面展示核心SNP、对应GWAS研究编号、跨表型关联图。
(B) 临床试验：标准化研究基础信息与临床结果。
(C) 暴露‑结局：结构化展示研究人群、暴露评估、生物样本/生物标志物、结局指标、效应量估计。
案例研究1
图5 案例研究，展示HRD用于候选基因与通路挖掘
(A‑C) 多组学证据整合，筛选子痫前期候选基因ERRFI1。
(A) HRDO0490中注释到ERRFI1的差异甲基化位点；
(B) HRDO0039差异基因火山图；
(C) HRDO0645中ERRFI1的细胞类型特异性差异表达。
(D‑F) 隐睾案例：miRNA‑靶基因关联结合通路改变。
(D) HRDO0504中hsa‑miR‑625‑3p差异表达，以WLS为核心的miRNA‑靶基因网络；
(E) HRDO0503中WLS基因差异表达；
(F) HRDO0503中Wnt信号通路GSEA富集结果。
详细总结
思维导图
已有同类数据库局限
HRD v1.0数据总规模
数据源与纳入标准
各类组学标准化分析流水线简述
数据库网页功能模块
HRD与同类生殖数据库对比
参考
Nucleic Acids Res. 2026 Oct 19:gkag1006. doi: 10.1093/nar/gkag1006.
HRD: an integrated multi-omics resource for human reproduction and development
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原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_51577602/article/details/169241834
